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Cómo llevar las cuentas de un centro médico o consulta

Guía por rubro · Actualizado 2026

Consultas, centros médicos y dentales tienen una contabilidad con sus particularidades: boletas de honorarios, bonos de Fonasa e Isapre e insumos clínicos. Ordenarlas bien te evita sustos en el F29 y te muestra cuánto deja realmente cada atención.

1. Boletas de honorarios y retención

Si atiendes como profesional, emites boleta de honorarios: no lleva IVA, pero sí una retención de impuesto (segunda categoría). El porcentaje de retención sube cada año por ley, así que confirma el vigente con tu contador o en el SII. Registra el bruto y la retención por separado para no llevarte sorpresas en la operación renta.

2. Bonos Fonasa, Isapre y copagos

En cada atención hay dos partes: lo que paga el paciente (copago) y lo que reembolsa el bono. Regístralas separadas para saber tu ingreso real por prestación y cuánto tienes pendiente de reembolso.

3. Separa insumos clínicos de gastos generales

Guantes, anestesia, descartables y material clínico son una cosa; arriendo, luz e internet son otra. Separarlos te muestra el costo real por atención y te ayuda a fijar precios con base, no a la intuición.

4. Controla tu flujo de caja

Entre bonos por reembolsar y pagos a profesionales, puedes facturar harto y tener la caja apretada. Mira tu flujo de caja seguido para anticipar.

💡 Importante: los temas tributarios de salud tienen reglas particulares (retención que cambia anualmente, prestaciones exentas, sociedades de profesionales). Usa una app para ordenar el día a día y valida la declaración con tu contador.

Ordena las cuentas de tu consulta

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Preguntas frecuentes

¿La boleta de honorarios lleva IVA?

No: lleva retención de segunda categoría, no IVA. El porcentaje cambia cada año; confírmalo con tu contador o el SII.

¿Cómo registro los bonos de Fonasa e Isapre?

Anota el copago del paciente y el reembolso del bono por separado para cuadrar el ingreso real y lo pendiente.